La pédagogie de l’Ecole Eden s’appuie sur plusieurs principes:

• L’école doit être un lieu d’apprentissage mais également de plaisir. Ainsi, l’Ecole Eden a mis en place une pédagogie participative et structurée stimulant la curiosité, donnant l’envie à l’enfant de progresser et lui apportant connaissances et confiance en ses propres capacités.
• Les intérêts des enfants évoluent avec le temps. Pour éveiller leur curiosité et motiver les élèves, l’enseignement de l’Ecole Eden part de leurs intérêts personnels pour leurs apprendre les éléments fondamentaux nécessaires à leur évolution.
• Deux personnes peuvent acquérir certaines notions à des âges différents (ex : marcher, lire, écrire). Ainsi, l’Ecole Eden a-t-elle mis en place pour les matières principales des classes en fonction des acquis et non en fonction des âges des élèves.
• L’école doit s’adapter aux enfants d’aujourd’hui. L’Ecole Eden a donc créé des groupes de travail en petits effectifs. Le lien enseignant/enseigné prend alors toute son importance.
• L’Ecole Eden veut replacer l’école dans son rôle éducationnel, ainsi les périodes de cours sont divisés en deux : 1/3 du temps consacré à la théorie et le reste à la pratique immédiate, à des exercices et à l’intégration de cette théorie permettant au professeur de vérifier les acquis des enfants. De plus, le travail se faisant en cours, les élèves ont peu de devoirs à la maison.
• Aujourd’hui l’anglais étant incontournable, l’Ecole Eden introduit le bilinguisme dès que les acquis en lecture et en écriture du français sont établis (environ 7ans) pour progressivement arriver à un enseignement par immersion.
• Enfin, le pragramme enseigné par l'Ecole Eden suit celui du Département de l’Instruction Publique (DIP) et permet à tout enfant de poursuivre sa scolarité dans tout autre établissement.